Modélisation et modèles sous R

Lizzie Scholtus

15 février 2021

Plan du cours

  • Qu’est ce qu’une modèlisation ?
  • Qu’est ce qu’un modèle ?
  • Contruire un modèle
  • Création d’un modèle sous R : Mettre en évidence les tombes princières de la vallée du Rhin

Un peu de bibliographie

  • Nakoinz O., Knitter D., Modelling human behaviour in landscapes, Basic concepts and modelling elements, New York : Springer, 2016
  • Rodier X. (dir.), Information spatiale et archéologie, Paris : Errance, 2011
  • Willett G., « Paradigme, théorie, modèle, schéma : qu’est-ce donc ? », Communication et organisation [en ligne], 10, URL : http://journals.openedition.org/communicationorganisation/1873

Qu’est-ce qu’une modélisation ?

Modélisation des données

  • analyse et représente la structure des données
  • préalable à l’établissement d’une base de données ou d’un système d’information

Exemple de modèle conceptuel de données

Modélisation

  • opération par laquelle on établit un modèle
  • sert à étudier et mesurer les effets de variations sur ce modèle

Qu’est-ce qu’un modèle ?

Définitions

Larousse : Représentation schématique d’un processus, d’une démarche raisonnée.
Tarski 1953 : Une réalisation possible dans laquelle toutes les expressions possibles d’une théorie T sont satisfaites est appelée un modèle de T.
Chorley, Haggett 1967 : Un modèle est une image simplifiée et intelligible du monde.
Clarke 1972 : Un modèle est caractérisé par la compréhension, la prédictibilité, l’efficacité et l’exactitude.
Balzer 2009 : Un modèle est la structure d’une théorie. Il se conforme à une série d’hypothèses et n’est pas une simple affirmation.
Thalheim 2015 : Un modèle est un objet, utilisé pour un objectif particulier par une communauté spécifique. Le modèle est analogue à l’orignal. Un modèle possède des méthodes particulières de développement et d’usage, et est fondé sur des théories et des hypothèses.

C’est une reproduction miniaturisée

Un modèle est une simplification de la réalité pour répondre à un assortiment d’hypothèses prédéfinies

Un modèle est caractérisé par :

  • La cartographie
  • La simplification
  • Le pragmatisme

Fonctions possibles d’un modèle :

La fonction organisatrice pour constituer une représentation significative et explicative d’un phénomène ou d’un aspect

La fonction heuristique pour énoncer une nouvelle théorie ou les failles d’une théorie

La fonction de prévision pour prédire différents comportements ou différentes situations

La fonction de mesure pour mesurer un phénomène

Fonctions possibles d’un modèle :

La fonction organisatrice pour constituer une représentation significative et explicative d’un phénomène ou d’un aspect

La fonction heuristique pour énoncer une nouvelle théorie ou les failles d’une théorie

La fonction de prévision pour prédire différents comportements ou différentes situations

La fonction de mesure pour mesurer un phénomène

Fonctions possibles d’un modèle :

La fonction organisatrice pour constituer une représentation significative et explicative d’un phénomène ou d’un aspect

La fonction heuristique pour énoncer une nouvelle théorie ou les failles d’une théorie

La fonction de prévision pour prédire différents comportements ou différentes situations

La fonction de mesure pour mesurer un phénomène

Fonctions possibles d’un modèle :

La fonction organisatrice pour constituer une représentation significative et explicative d’un phénomène ou d’un aspect

La fonction heuristique pour énoncer une nouvelle théorie ou les failles d’une théorie

La fonction de prévision pour prédire différents comportements ou différentes situations

La fonction de mesure pour mesurer un phénomène

Les différents types de modèles :

Le modèle cognitif : sert à représenter un système existant et à mettre en évidence ses propriétés

Le modèle prévisionnel : permet de prédire le comportement d’un système

Le modèle décisionnel : fournit des informations utiles pour prendre des décisions optimales

Le modèle normatif : indique comment se comporter pour atteindre un but

Les différents types de modèles :

Le modèle cognitif : sert à représenter un système existant et à mettre en évidence ses propriétés

Le modèle prévisionnel : permet de prédire le comportement d’un système

Le modèle décisionnel : fournit des informations utiles pour prendre des décisions optimales

Le modèle normatif : indique comment se comporter pour atteindre un but

Les différents types de modèles :

Le modèle cognitif : sert à représenter un système existant et à mettre en évidence ses propriétés

Le modèle prévisionnel : permet de prédire le comportement d’un système

Le modèle décisionnel : fournit des informations utiles pour prendre des décisions optimales

Le modèle normatif : indique comment se comporter pour atteindre un but

Les différents types de modèles :

Le modèle cognitif : sert à représenter un système existant et à mettre en évidence ses propriétés

Le modèle prévisionnel : permet de prédire le comportement d’un système

Le modèle décisionnel : fournit des informations utiles pour prendre des décisions optimales

Le modèle normatif : indique comment se comporter pour atteindre un but

Les modèles

Pour résumer :

  • Une simplification de la réalité pour répondre à des hypothèses prédéfinies

  • Il permet de faire le lien entre les observations de terrains et la théorie

  • Il peut être utilisé pour décrire, expliquer et représenter les données

  • Il sert à la réflexion et à la documentation

  • Il n’a pas l’ambition d’être juste.

Construire un modèle

Les étapes de la construction d’un modèle

Remarques

1. Établir une problématique

Modèle conceptuel, Scholtus 2020

2. Rassembler la donnée

3. Appliquer une méthode

Étapes

Quelques remarques :

  • Ce sont les questions auxquelles on souhaite répondre qui conditionnent la structuration des données

  • Un modèle ne représente que certaines caractéristiques de l’objet ou du phénomène étudié

  • Cela signifie que le modèle est toujours plus simple que ce qu’il est supposé représenter et expliquer

  • Il est forcément provisoire parce qu’il dépend de l’évolution des connaissances

  • La modélisation doit pouvoir être appliquée ou transposée, quelle que soit la zone étudiée

Création d’un modèle sous R

Mettre en évidence les tombes princières de la vallée du Rhin au Hallstatt

Objectifs de l’étude

  • Tester la modélisation d’hypothèse sous R

  • Mettre en évidence par la modélisation et les études statistiques des théories déjà connues à travers la littérature scientifique

  • Utiliser les données mises en commun dans ArkeoGIS pour répondre à une problématique définie

  • Distinguer les tumuli exceptionnels de la vallée du Rhin supérieur

Les tombes exceptionnelles

Le modèle théorique

Le modèle théorique

  1. Problématique : Quelles sont les tombes exceptionnelles dans la vallée du Rhin ? Comment les mettre en évidence ?

  2. Cadre théorique : Les éléments considérés comme exceptionnels sont ceux admis comme tel par la communauté de chercheur et les éléments rares dans les dépôts funéraires.

  3. Les données : Export d’une requête dans ArkeoGIS > la donnée se présente selon une ontologie prédéfinie qui fonctionne avec des liens parents/enfants sur 4 niveaux et une caractérisation exceptionnelle oui/non

  4. Méthode : Recoder les variables textuelles en valeur numérique en fonction de leur pourcentage de fréquence relative dans la base et de la caractéristique décrite. L’objectif final étant d’additionner ces chiffres par site pour obtenir une valeur d’exceptionnalité pour chacun.

  5. Outil utilisé : R

  6. Validation du modèle : Par comparaison avec la littérature scientifique et les sites exceptionnels listés dans ArkeoGIS

Qu’est-ce que R

Let’s code !

Charger les données

## 'data.frame':    653 obs. of  22 variables:
##  $ DATABASE_NAME     : chr  "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" ...
##  $ SITE_SOURCE_ID    : chr  "4" "5" "101" "161" ...
##  $ SITE_NAME         : chr  "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##  $ MAIN_CITY_NAME    : chr  "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##  $ GEONAME_ID        : logi  NA NA NA NA NA NA ...
##  $ PROJECTION_SYSTEM : int  4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 ...
##  $ LONGITUDE         : num  7.44 7.44 7.57 7.69 7.69 ...
##  $ LATITUDE          : num  48 48 48.3 48.4 48.4 ...
##  $ ALTITUDE          : num  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
##  $ CITY_CENTROID     : chr  "Non" "Non" "Non" "Non" ...
##  $ STATE_OF_KNOWLEDGE: chr  "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" ...
##  $ OCCUPATION        : chr  "Unique" "Unique" "Unique" "Unique" ...
##  $ STARTING_PERIOD   : chr  "-800" "-800" "-800" "-800" ...
##  $ ENDING_PERIOD     : chr  "-620" "-620" "-620" "-620" ...
##  $ CARAC_NAME        : chr  "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" ...
##  $ CARAC_LVL1        : chr  "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" ...
##  $ CARAC_LVL2        : chr  "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" ...
##  $ CARAC_LVL3        : chr  "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" ...
##  $ CARAC_LVL4        : chr  "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" ...
##  $ CARAC_EXP         : chr  "Oui" "Oui" "Oui" "Oui" ...
##  $ BIBLIOGRAPHY      : chr  "Adam A.-M., Nouvelles observations sur le matériel d'importation du tumulus I d'Appenwihr (Haut-Rhin), Cahiers "| __truncated__ "Jehl M., Bonnet C., Nouvelles fouilles et importantes trouvailles dans la forêt du Kastenwald près de Colmar, C"| __truncated__ "Dotzler J., Les tertres protohistoriques du Bas-Rhin. Réexamen des fouilles anciennes, mémoire de maîtrise, Uni"| __truncated__ "Flotté P., Fuchs M., Le Bas-Rhin, Carte archéologique de la Gaule 67/1, Paris, 2000. Tremblay Cormier L., Frenc"| __truncated__ ...
##  $ COMMENTS          : chr  "Tumulus 1 / Pyxide, coupe à large bord, puisoir, passoire, céramique." "Tumulus 3 / Épée en fer." "Tumulus A / Épée en fer." "Tumulus 3 / Épée en fer, rasoir, céramique, épingle." ...

Vérifier les données

##                              DATABASE_NAME SITE_SOURCE_ID  SITE_NAME
## 1 Tombes de l'élite du Ha ancien en France              4  Appenwihr
## 2 Tombes de l'élite du Ha ancien en France              5  Appenwihr
## 3 Tombes de l'élite du Ha ancien en France            101 Hilsenheim
## 4 Tombes de l'élite du Ha ancien en France            161   Obenheim
## 5 Tombes de l'élite du Ha ancien en France            162   Obenheim
## 6 Tombes de l'élite du Ha ancien en France            163  Ohnenheim
##   MAIN_CITY_NAME GEONAME_ID PROJECTION_SYSTEM LONGITUDE LATITUDE ALTITUDE
## 1      Appenwihr         NA              4326   7.43954 48.02819       NA
## 2      Appenwihr         NA              4326   7.43954 48.02819       NA
## 3     Hilsenheim         NA              4326   7.56651 48.29008       NA
## 4       Obenheim         NA              4326   7.68910 48.36043       NA
## 5       Obenheim         NA              4326   7.68910 48.36043       NA
## 6      Ohnenheim         NA              4326   7.50829 48.18259       NA
##   CITY_CENTROID STATE_OF_KNOWLEDGE OCCUPATION STARTING_PERIOD ENDING_PERIOD
## 1           Non            Fouillé     Unique            -800          -620
## 2           Non            Fouillé     Unique            -800          -620
## 3           Non            Fouillé     Unique            -800          -620
## 4           Non            Fouillé     Unique            -800          -620
## 5           Non            Fouillé     Unique            -800          -620
## 6           Non            Fouillé     Unique            -800          -620
##   CARAC_NAME CARAC_LVL1 CARAC_LVL2         CARAC_LVL3 CARAC_LVL4 CARAC_EXP
## 1 Immobilier  Funéraire  Nécropole Monument funéraire Inhumation       Oui
## 2 Immobilier  Funéraire  Nécropole Monument funéraire Inhumation       Oui
## 3 Immobilier  Funéraire  Nécropole Monument funéraire Inhumation       Oui
## 4 Immobilier  Funéraire  Nécropole Monument funéraire Inhumation       Oui
## 5 Immobilier  Funéraire  Nécropole Monument funéraire Inhumation       Oui
## 6 Immobilier  Funéraire  Nécropole Monument funéraire Inhumation       Oui
##                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          BIBLIOGRAPHY
## 1 Adam A.-M., Nouvelles observations sur le matériel d'importation du tumulus I d'Appenwihr (Haut-Rhin), Cahiers alsaciens d'archéologie, d'art et d'histoire XL, 1997, p. 5–15. Jehl M., Bonnet C., Nouvelles fouilles et importantes trouvailles dans la forêt du Kastenwald près de Colmar, Cahiers alsaciens d'art, d'archéologie et d'histoire, I, 1957, p. 19-32. Tremblay Cormier L., French Elite Burials of the Early Iron Age In : Schumann R., Van der Vaart-Verschoof S. (dir.), Conference proceedings of the International Workshop (Leyde 2015) Connected Elites and Regions in the Early Hallstatt Period, Leyde, sous presse, Sidestone Press, No 4.
## 2                                                                                                                                                                                Jehl M., Bonnet C., Nouvelles fouilles et importantes trouvailles dans la forêt du Kastenwald près de Colmar, Cahiers alsaciens d'art, d'archéologie et d'histoire, I, 1957, p. 19-32. Tremblay Cormier L., French Elite Burials of the Early Iron Age In : Schumann R., Van der Vaart-Verschoof S. (dir.), Conference proceedings of the International Workshop (Leyde 2015) Connected Elites and Regions in the Early Hallstatt Period, Leyde, sous presse, Sidestone Press, No 5.
## 3                                                                                                                                                                                                                Dotzler J., Les tertres protohistoriques du Bas-Rhin. Réexamen des fouilles anciennes, mémoire de maîtrise, Université Marc Bloch, Strasbourg, 1997. Tremblay Cormier L., French Elite Burials of the Early Iron Age In : Schumann R., Van der Vaart-Verschoof S. (dir.), Conference proceedings of the International Workshop (Leyde 2015) Connected Elites and Regions in the Early Hallstatt Period, Leyde, sous presse, Sidestone Press, No 101.
## 4                                                                                                                                                                                                                                                                                Flotté P., Fuchs M., Le Bas-Rhin, Carte archéologique de la Gaule 67/1, Paris, 2000. Tremblay Cormier L., French Elite Burials of the Early Iron Age In : Schumann R., Van der Vaart-Verschoof S. (dir.), Conference proceedings of the International Workshop (Leyde 2015) Connected Elites and Regions in the Early Hallstatt Period, Leyde, sous presse, Sidestone Press, No 161.
## 5                                                                                                                                                                                                                                                                                Flotté P., Fuchs M., Le Bas-Rhin, Carte archéologique de la Gaule 67/1, Paris, 2000. Tremblay Cormier L., French Elite Burials of the Early Iron Age In : Schumann R., Van der Vaart-Verschoof S. (dir.), Conference proceedings of the International Workshop (Leyde 2015) Connected Elites and Regions in the Early Hallstatt Period, Leyde, sous presse, Sidestone Press, No 161.
## 6                                                                                                                                                                                                    Pare C., Wagons and Wagons-Graves of the early Iron Age in Central Europe, Oxford University Committee for Archaeology, Monographs 35, Oxford, 1992, p. 226-228. Tremblay Cormier L., French Elite Burials of the Early Iron Age In : Schumann R., Van der Vaart-Verschoof S. (dir.), Conference proceedings of the International Workshop (Leyde 2015) Connected Elites and Regions in the Early Hallstatt Period, Leyde, sous presse, Sidestone Press, No 163.
##                                                                COMMENTS
## 1 Tumulus 1 / Pyxide, coupe à large bord, puisoir, passoire, céramique.
## 2                                              Tumulus 3 / Épée en fer.
## 3                                              Tumulus A / Épée en fer.
## 4                  Tumulus 3 / Épée en fer, rasoir, céramique, épingle.
## 5                                   Tumulus 6 / Épée en fer, céramique.
## 6                       Tumulus 9 / Épée en fer, char, mors, céramique.

Vérifier les données

##  DATABASE_NAME      SITE_SOURCE_ID      SITE_NAME         MAIN_CITY_NAME    
##  Length:653         Length:653         Length:653         Length:653        
##  Class :character   Class :character   Class :character   Class :character  
##  Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character  
##                                                                             
##                                                                             
##                                                                             
##                                                                             
##  GEONAME_ID     PROJECTION_SYSTEM   LONGITUDE        LATITUDE    
##  Mode:logical   Min.   :4326      Min.   :7.332   Min.   :47.55  
##  NA's:653       1st Qu.:4326      1st Qu.:7.640   1st Qu.:48.17  
##                 Median :4326      Median :7.712   Median :48.77  
##                 Mean   :4326      Mean   :7.774   Mean   :48.50  
##                 3rd Qu.:4326      3rd Qu.:7.951   3rd Qu.:48.83  
##                 Max.   :4326      Max.   :8.268   Max.   :49.05  
##                                                                  
##     ALTITUDE      CITY_CENTROID      STATE_OF_KNOWLEDGE  OCCUPATION       
##  Min.   : 54.03   Length:653         Length:653         Length:653        
##  1st Qu.:179.33   Class :character   Class :character   Class :character  
##  Median :249.46   Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character  
##  Mean   :238.90                                                           
##  3rd Qu.:258.28                                                           
##  Max.   :499.15                                                           
##  NA's   :530                                                              
##  STARTING_PERIOD    ENDING_PERIOD       CARAC_NAME         CARAC_LVL1       
##  Length:653         Length:653         Length:653         Length:653        
##  Class :character   Class :character   Class :character   Class :character  
##  Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character  
##                                                                             
##                                                                             
##                                                                             
##                                                                             
##   CARAC_LVL2         CARAC_LVL3         CARAC_LVL4         CARAC_EXP        
##  Length:653         Length:653         Length:653         Length:653        
##  Class :character   Class :character   Class :character   Class :character  
##  Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character  
##                                                                             
##                                                                             
##                                                                             
##                                                                             
##  BIBLIOGRAPHY         COMMENTS        
##  Length:653         Length:653        
##  Class :character   Class :character  
##  Mode  :character   Mode  :character  
##                                       
##                                       
##                                       
## 

manipuler les données

##                     effectifs_HCD1 pourcentages_HCD1
## Céramique                       12                 2
## Funéraire                       77                12
## Lithique                         8                 1
## Métal                          546                84
## Os                               9                 1
## Végétal - organique              1                 0
## <NA>                             0                 0

Librairies nécessaires pour cette modélisation

Transformer les données

Revaloriation des caractéristiques

## 
##    0    1 <NA> 
##   86  567    0

Transformer les données

## 'data.frame':    653 obs. of  23 variables:
##  $ DATABASE_NAME     : chr  "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" ...
##  $ SITE_SOURCE_ID    : chr  "4" "5" "101" "161" ...
##  $ SITE_NAME         : chr  "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##  $ MAIN_CITY_NAME    : chr  "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##  $ GEONAME_ID        : logi  NA NA NA NA NA NA ...
##  $ PROJECTION_SYSTEM : int  4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 ...
##  $ LONGITUDE         : num  7.44 7.44 7.57 7.69 7.69 ...
##  $ LATITUDE          : num  48 48 48.3 48.4 48.4 ...
##  $ ALTITUDE          : num  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
##  $ CITY_CENTROID     : chr  "Non" "Non" "Non" "Non" ...
##  $ STATE_OF_KNOWLEDGE: chr  "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" ...
##  $ OCCUPATION        : chr  "Unique" "Unique" "Unique" "Unique" ...
##  $ STARTING_PERIOD   : chr  "-800" "-800" "-800" "-800" ...
##  $ ENDING_PERIOD     : chr  "-620" "-620" "-620" "-620" ...
##  $ CARAC_NAME        : chr  "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" ...
##  $ CARAC_LVL1        : chr  "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" ...
##  $ CARAC_LVL2        : chr  "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" ...
##  $ CARAC_LVL3        : chr  "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" ...
##  $ CARAC_LVL4        : chr  "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" ...
##  $ CARAC_EXP         : chr  "Oui" "Oui" "Oui" "Oui" ...
##  $ BIBLIOGRAPHY      : chr  "Adam A.-M., Nouvelles observations sur le matériel d'importation du tumulus I d'Appenwihr (Haut-Rhin), Cahiers "| __truncated__ "Jehl M., Bonnet C., Nouvelles fouilles et importantes trouvailles dans la forêt du Kastenwald près de Colmar, C"| __truncated__ "Dotzler J., Les tertres protohistoriques du Bas-Rhin. Réexamen des fouilles anciennes, mémoire de maîtrise, Uni"| __truncated__ "Flotté P., Fuchs M., Le Bas-Rhin, Carte archéologique de la Gaule 67/1, Paris, 2000. Tremblay Cormier L., Frenc"| __truncated__ ...
##  $ COMMENTS          : chr  "Tumulus 1 / Pyxide, coupe à large bord, puisoir, passoire, céramique." "Tumulus 3 / Épée en fer." "Tumulus A / Épée en fer." "Tumulus 3 / Épée en fer, rasoir, céramique, épingle." ...
##  $ CARAC_Valeurs1    : chr  "0" "0" "0" "0" ...

Transformer les données

## 'data.frame':    653 obs. of  24 variables:
##  $ DATABASE_NAME     : chr  "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" ...
##  $ SITE_SOURCE_ID    : chr  "4" "5" "101" "161" ...
##  $ SITE_NAME         : chr  "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##  $ MAIN_CITY_NAME    : chr  "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##  $ GEONAME_ID        : logi  NA NA NA NA NA NA ...
##  $ PROJECTION_SYSTEM : int  4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 ...
##  $ LONGITUDE         : num  7.44 7.44 7.57 7.69 7.69 ...
##  $ LATITUDE          : num  48 48 48.3 48.4 48.4 ...
##  $ ALTITUDE          : num  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
##  $ CITY_CENTROID     : chr  "Non" "Non" "Non" "Non" ...
##  $ STATE_OF_KNOWLEDGE: chr  "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" ...
##  $ OCCUPATION        : chr  "Unique" "Unique" "Unique" "Unique" ...
##  $ STARTING_PERIOD   : chr  "-800" "-800" "-800" "-800" ...
##  $ ENDING_PERIOD     : chr  "-620" "-620" "-620" "-620" ...
##  $ CARAC_NAME        : chr  "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" ...
##  $ CARAC_LVL1        : chr  "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" ...
##  $ CARAC_LVL2        : chr  "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" ...
##  $ CARAC_LVL3        : chr  "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" ...
##  $ CARAC_LVL4        : chr  "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" ...
##  $ CARAC_EXP         : chr  "Oui" "Oui" "Oui" "Oui" ...
##  $ BIBLIOGRAPHY      : chr  "Adam A.-M., Nouvelles observations sur le matériel d'importation du tumulus I d'Appenwihr (Haut-Rhin), Cahiers "| __truncated__ "Jehl M., Bonnet C., Nouvelles fouilles et importantes trouvailles dans la forêt du Kastenwald près de Colmar, C"| __truncated__ "Dotzler J., Les tertres protohistoriques du Bas-Rhin. Réexamen des fouilles anciennes, mémoire de maîtrise, Uni"| __truncated__ "Flotté P., Fuchs M., Le Bas-Rhin, Carte archéologique de la Gaule 67/1, Paris, 2000. Tremblay Cormier L., Frenc"| __truncated__ ...
##  $ COMMENTS          : chr  "Tumulus 1 / Pyxide, coupe à large bord, puisoir, passoire, céramique." "Tumulus 3 / Épée en fer." "Tumulus A / Épée en fer." "Tumulus 3 / Épée en fer, rasoir, céramique, épingle." ...
##  $ CARAC_Valeurs1    : chr  "0" "0" "0" "0" ...
##  $ CARAC_VAL_Chiffre1: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

Transformer les données

Refaire l’opération pour chaque niveau de caractéristation…

A quelques exceptions près !

La vaisselle en métal n’a pas la même valeur dans les dépôts que celle en céramique. Il faut donc faire la différence entre les deux matériaux pour pouvoir leur attribuer une valeur différente

Gérer les exceptions

D’abord on attribue une valeur aux caractéristiques qui ne posent pas de problème.

Gérer les exceptions

Puis on isole les objets en métal pour leur attribuer une valeur de 3.

## 
##     Armement       Autres Harnachement       Outils       Parure    Vaisselle 
##           32           21           16           32          422           18

Gérer les exceptions

La même opération est effectuée sur les objets en céramique avec une valeur de 1.

## 
##    Autres Vaisselle 
##         1         9

Gérer les exceptions

## 
##    0    1    2    3    5 <NA> 
##   36  500   41   51   16    9

Les autres niveaux de caractérisation

##                    effectifs3_HCD1 pourcentages3_HCD1
## Ambre                            1                  0
## Autres                          40                  6
## Boucle d'oreille                46                  7
## Ceinture                        56                  9
## Char                             7                  1
## Clous                            1                  0
## Couteau                          7                  1
## Épée                            11                  2
## Épingle                         34                  5
## Fibule                          42                  6
## Lance                            6                  1
## Lignite                          3                  0
## Monument funéraire              77                 12
## Mors                             5                  1
## Parure annulaire               200                 31
## Pendeloque                       7                  1
## Poignard                         6                  1
## Pointe de flèche                 2                  0
## Polissoir                        1                  0
## Scories                          1                  0
## Toilette                        24                  4
## <NA>                            76                 12

Les autres niveaux de caractérisation

##                    effectifs4_HCD1 pourcentages4_HCD1
## Anneau de cheville              16                  2
## Bague                            1                  0
## Bracelet                       123                 19
## Crémation                        4                  1
## Inhumation                      19                  3
## Silex                            1                  0
## Torque                          29                  4
## <NA>                           460                 70

Réorganiser la base

##   SITE_SOURCE_ID  SITE_NAME CARAC_LVL1 CARAC_Valeurs1 CARAC_LVL2 CARAC_Valeurs2
## 1              4  Appenwihr  Funéraire              0  Nécropole              1
## 2              5  Appenwihr  Funéraire              0  Nécropole              1
## 3            101 Hilsenheim  Funéraire              0  Nécropole              1
## 4            161   Obenheim  Funéraire              0  Nécropole              1
## 5            162   Obenheim  Funéraire              0  Nécropole              1
## 6            163  Ohnenheim  Funéraire              0  Nécropole              1
##           CARAC_LVL3 CARAC_Valeurs3 CARAC_LVL4 CARAC_Valeurs4 CARAC_EXP
## 1 Monument funéraire              0 Inhumation              1       Oui
## 2 Monument funéraire              0 Inhumation              1       Oui
## 3 Monument funéraire              0 Inhumation              1       Oui
## 4 Monument funéraire              0 Inhumation              1       Oui
## 5 Monument funéraire              0 Inhumation              1       Oui
## 6 Monument funéraire              0 Inhumation              1       Oui
##   CARAC_VAL_Chiffre1 CARAC_VAL_Chiffre2 CARAC_VAL_Chiffre3 CARAC_VAL_Chiffre4
## 1                  0                  1                  0                  1
## 2                  0                  1                  0                  1
## 3                  0                  1                  0                  1
## 4                  0                  1                  0                  1
## 5                  0                  1                  0                  1
## 6                  0                  1                  0                  1
##   LONGITUDE LATITUDE STATE_OF_KNOWLEDGE
## 1   7.43954 48.02819            Fouillé
## 2   7.43954 48.02819            Fouillé
## 3   7.56651 48.29008            Fouillé
## 4   7.68910 48.36043            Fouillé
## 5   7.68910 48.36043            Fouillé
## 6   7.50829 48.18259            Fouillé

Additionner les valeurs

On additionne d’abord les valeurs par rang avecla fonction rowSums()

##   SITE_SOURCE_ID  SITE_NAME CARAC_VAL_Chiffre1 CARAC_VAL_Chiffre2
## 1              4  Appenwihr                  0                  1
## 2              5  Appenwihr                  0                  1
## 3            101 Hilsenheim                  0                  1
## 4            161   Obenheim                  0                  1
## 5            162   Obenheim                  0                  1
## 6            163  Ohnenheim                  0                  1
##   CARAC_VAL_Chiffre3 CARAC_VAL_Chiffre4 CARAC_Somme
## 1                  0                  1           2
## 2                  0                  1           2
## 3                  0                  1           2
## 4                  0                  1           2
## 5                  0                  1           2
## 6                  0                  1           2

Additionner les valeurs

la fonction ddply() permet de rassembler dans une nouvelle base de donnée les colonnes qui nous intéressent et d’additionner la colonne CARAC_Somme en différenciant les sites par leur identifiant, leur nom et leurs coordonnées.

##   SITE_SOURCE_ID   SITE_NAME LONGITUDE LATITUDE STATE_OF_KNOWLEDGE CARAC_Somme
## 1            101  Hilsenheim  7.566510 48.29008            Fouillé           2
## 2            113 Kurzgelaend  7.941952 48.82146            Fouillé           1
## 3            115 Kurzgelaend  7.942294 48.82159            Fouillé           1
## 4            145 Kurzgelaend  7.950754 48.82261            Fouillé           1
## 5     145-01_FER Kurzgelaend  7.950754 48.82261            Fouillé           1
## 6            161    Obenheim  7.689100 48.36043            Fouillé           2

Cartographier les résultats

Spatialiser les données

## Formal class 'SpatialPointsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots
##   ..@ data       :'data.frame':  653 obs. of  30 variables:
##   .. ..$ DATABASE_NAME     : chr [1:653] "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" "Tombes de l'élite du Ha ancien en France" ...
##   .. ..$ SITE_SOURCE_ID    : chr [1:653] "4" "5" "101" "161" ...
##   .. ..$ SITE_NAME         : chr [1:653] "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##   .. ..$ MAIN_CITY_NAME    : chr [1:653] "Appenwihr" "Appenwihr" "Hilsenheim" "Obenheim" ...
##   .. ..$ GEONAME_ID        : logi [1:653] NA NA NA NA NA NA ...
##   .. ..$ PROJECTION_SYSTEM : int [1:653] 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 4326 ...
##   .. ..$ LONGITUDE         : num [1:653] 7.44 7.44 7.57 7.69 7.69 ...
##   .. ..$ LATITUDE          : num [1:653] 48 48 48.3 48.4 48.4 ...
##   .. ..$ ALTITUDE          : num [1:653] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
##   .. ..$ CITY_CENTROID     : chr [1:653] "Non" "Non" "Non" "Non" ...
##   .. ..$ STATE_OF_KNOWLEDGE: chr [1:653] "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" "Fouillé" ...
##   .. ..$ OCCUPATION        : chr [1:653] "Unique" "Unique" "Unique" "Unique" ...
##   .. ..$ STARTING_PERIOD   : chr [1:653] "-800" "-800" "-800" "-800" ...
##   .. ..$ ENDING_PERIOD     : chr [1:653] "-620" "-620" "-620" "-620" ...
##   .. ..$ CARAC_NAME        : chr [1:653] "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" "Immobilier" ...
##   .. ..$ CARAC_LVL1        : chr [1:653] "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" "Funéraire" ...
##   .. ..$ CARAC_LVL2        : chr [1:653] "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" "Nécropole" ...
##   .. ..$ CARAC_LVL3        : chr [1:653] "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" "Monument funéraire" ...
##   .. ..$ CARAC_LVL4        : chr [1:653] "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" "Inhumation" ...
##   .. ..$ CARAC_EXP         : chr [1:653] "Oui" "Oui" "Oui" "Oui" ...
##   .. ..$ BIBLIOGRAPHY      : chr [1:653] "Adam A.-M., Nouvelles observations sur le matériel d'importation du tumulus I d'Appenwihr (Haut-Rhin), Cahiers "| __truncated__ "Jehl M., Bonnet C., Nouvelles fouilles et importantes trouvailles dans la forêt du Kastenwald près de Colmar, C"| __truncated__ "Dotzler J., Les tertres protohistoriques du Bas-Rhin. Réexamen des fouilles anciennes, mémoire de maîtrise, Uni"| __truncated__ "Flotté P., Fuchs M., Le Bas-Rhin, Carte archéologique de la Gaule 67/1, Paris, 2000. Tremblay Cormier L., Frenc"| __truncated__ ...
##   .. ..$ COMMENTS          : chr [1:653] "Tumulus 1 / Pyxide, coupe à large bord, puisoir, passoire, céramique." "Tumulus 3 / Épée en fer." "Tumulus A / Épée en fer." "Tumulus 3 / Épée en fer, rasoir, céramique, épingle." ...
##   .. ..$ CARAC_Valeurs1    : chr [1:653] "0" "0" "0" "0" ...
##   .. ..$ CARAC_VAL_Chiffre1: num [1:653] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   .. ..$ CARAC_Valeurs2    : chr [1:653] "1" "1" "1" "1" ...
##   .. ..$ CARAC_VAL_Chiffre2: num [1:653] 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 ...
##   .. ..$ CARAC_Valeurs3    : chr [1:653] "0" "0" "0" "0" ...
##   .. ..$ CARAC_VAL_Chiffre3: num [1:653] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   .. ..$ CARAC_Valeurs4    : chr [1:653] "1" "1" "1" "1" ...
##   .. ..$ CARAC_VAL_Chiffre4: num [1:653] 1 1 1 1 1 1 1 NA 1 1 ...
##   ..@ coords.nrs : num(0) 
##   ..@ coords     : num [1:653, 1:2] 7.44 7.44 7.57 7.69 7.69 ...
##   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
##   .. .. ..$ : NULL
##   .. .. ..$ : chr [1:2] "LONGITUDE" "LATITUDE"
##   ..@ bbox       : num [1:2, 1:2] 7.33 47.55 8.27 49.05
##   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
##   .. .. ..$ : chr [1:2] "LONGITUDE" "LATITUDE"
##   .. .. ..$ : chr [1:2] "min" "max"
##   ..@ proj4string:Formal class 'CRS' [package "sp"] with 1 slot
##   .. .. ..@ projargs: chr "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs"

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